De acordo com o coordenador de Tributos sobre Produção e Comércio Exterior da Receita Federal, Hamilton Rech, além do ICMS, o IPI, a contribuição para o PIS/Pasep e a Cofins são os principais impostos que podem incidir sobre os medicamentos do Brasil.  No caso de medicamentos importados, há ainda o Imposto de Importação (II).

A carga tributária que incide sobre os medicamentos no Brasil é debatida neste momento na Comissão de Defesa do Consumidor.

No entanto, segundo dados da Anvisa, a alíquota do IPI para medicamentos é zero, inclusive para os importados. No caso do Imposto de Importação, os percentuais de incidência são variados, dependendo do medicamento e, caso o importador seja pessoa física, o imposto é zerado.

As alíquotas do Imposto de Importação são definidas pelo Ministério do Desenvolvimento, Indústria e Comércio e sete medicamentos importados já não são tributados. A definição de algumas alíquotas desse imposto depende também de acordo com os outros países do Mercosul.

Na maior parte dos medicamentos sobre as quais há incidência do PIS/Cofins, a alíquota é de 12%, segundo a Anvisa. Entretanto, a indústria farmacêutica pode aderir a um termo de ajustamento de conduta, comprometendo-se a repassar para o consumidor o desconto relativo ao imposto. Nesse caso, o débito é anulado e a alíquota passa a ser zero.