Seguindo o entendimento da Procuradoria Regional da República da 3ª Região (PRR3), o Tribunal Regional Federal (TRF3) manteve as condenações de Fábio Monteiro de Barros Filho e José Eduardo Correa Teixeira Ferraz por crime contra a ordem tributária. Além disso, acolheu parcialmente o recurso do MPF para reconhecer a causa de aumento de pena prevista em lei para quando o crime cometido ocasionar grave dano à coletividade. Com isso, o Tribunal fixou a pena de José Eduardo em  três anos e oito meses, e a de Fábio Monteiro em três anos e sete meses de reclusão, em regime inicial aberto, tendo sido substituídas as penas restritivas de liberdade por restritivas de direito.

A ação a que os réus respondiam era uma das decorrentes do caso do desvio de verbas para construção do prédio do Fórum Trabalhista da Barra Funda, que ficou conhecido como escândalo do TRT-SP. Em valores atualizados em meados de 2012, foram desviados na época o equivalente a R$ 999 milhões dos cofres públicos. Consta da denúncia que os réus, proprietários da Incal, reduziram o pagamento de impostos (IRPJ) referentes aos anos de 1994 e 1995, prestando declarações falsas às autoridades com o intuito de reduzir tributos e contribuições sociais. Os réus excluíram indevidamente rendimentos relativos a investimentos realizados no exterior.

Fábio Monteiro de Barros Filho recorreu, alegando suposta inépcia da denúncia e cerceamento da defesa, e argumentou que os atos realizados por ele não constituem crimes, somente pequenas irregularidades decorrentes de erro. José Eduardo Correa Teixeira Ferraz também moveu recurso alegando inépcia da denúncia e cerceamento da defesa, e defendeu a inexistência do crime por falta da materialidade, bem como equívocos na fixação da pena-base.

A Procuradoria se manifestou contra os recursos e rebateu as alegações dos réus. De acordo com a PRR3, a alegação de inépcia da denúncia nos recursos não são aceitáveis, pois está “demonstrado na peça acusatória a descrição de fatos que configuram conduta criminosa, as circunstâncias e indícios de participação dos dois denunciados”.

A Procuradoria também afirmou que em nenhum momento os réus tiveram cerceado seu direito à ampla defesa, “tendo compreendido perfeitamente a acusação e dela se defendido com todo o detalhamento, o que é verificável”. Além disso, a PRR-3 salientou que que encontra-se devidamente comprovada nos autos a materialidade do delito, especialmente pelos documentos que acompanharam a denúncia.

Acolhendo o parecer da Procuradoria Regional da República da 3ª Região (PRR3), a 5ª turma do Tribunal Regional Federal da 3ª Região (TRF3) decidiu negar os recursos dos réus, mantendo suas condenações, e acolher parcialmente o recurso do MPF para reconhecer o aumento de pena para os réus. No entanto, o Tribunal também deu parcial provimento ao recurso de José Eduardo Correa Teixeira Ferraz para fixar a pena-base de cada um dos réus no mínimo legal.

 
Processo nº 0002143-87.2001.4.03.6181