Onze anos após o escândalo da violação do painel eletrônico do Senado, na votação secreta que levou à cassação o senador Luiz Estevão (PMDB-DF), a Justiça Federal em Brasília condenou o ex-governador do Distrito Federal J.R Arruda e mais três pessoas por improbidade administrativa. O juiz Alexandre Vidigal de Oliveira, da 20ª Vara Federal, considerou que Arruda foi o responsável por ordenar a quebra do sigilo da votação.

O magistrado não aceitou a justificativa apresentada por Arruda em depoimento à Justiça de que, na noite anterior à decisão sobre Estevão, não determinou a R.C. Borges, então diretora do Serviço de Processamento de Dados do Senado (Prodasen), que violasse o painel eletrônico. O ex-parlamentar disse ter pedido a ela para conferir a segurança do equipamento, ressaltando que falava em nome do então presidente da Casa, A.C. Magalhães (do extinto PFL), morto em 2007.

No início de 2001, quando o escândalo eclodiu, Arruda, na época líder do governo Fernando Henrique Cardoso no Senado, mentiu aos pares ao negar qualquer envolvimento no acesso à lista de votação. Pouco depois, confessou ter recebido o material e, ameaçado de cassação diante das investigações da Casa que apontavam sua participação direta no episódio, renunciou ao mandato.

Para o juiz, baseado em vários depoimentos colhidos ao longo do processo, Arruda "teve participação expressiva nas ações de articulação dos envolvidos e de acesso e conhecimento das informações sigilosas obtidas".

Arruda foi condenado à suspensão dos direitos políticos por cinco anos, ao pagamento de cem salários de senador (contracheque da época da cassação de Estevão) e ainda ficou proibido de ter contratos com o poder público ou receber benefícios dele.