Apesar das afirmações do presidente Luiz Inácio Lula da Silva e do ministro da Justiça, Marcio Thomaz Bastos, prometendo uma apuração rigorosa e isenta do escândalo do dossiê, a Polícia Federal não teve esse comportamento durante as investigações. De acordo com agentes ouvidos pelo jornal Folha de S. Paulo, houve uma tentativa de abafar o caso e intervenção da cúpula da PF.

Conforme as fontes, a tentativa de abafar a apuração surgiu depois da descoberta do envolvimento dos petistas no escândalo. A orientação em São Paulo, onde eles foram presos, era para que o acesso às informações fosse restrito aos homens de confiança do diretor-executivo da PF, Zulmar Pimentel. Em função disso, o delegado que prendeu 2 petistas foi afastado da investigação.

O delegado da PF Edmilson Pereira Bruno estava de plantão quando o caso foi descoberto e prendeu Valdebran Padilha e Gedimar Passos, que negociavam o dossiê no hotel Ibis e foram pegos com 1,7 milhão de reais. Na segunda, Bruno deu lugar a policiais ligados à direção da PF. Ainda por orientação da cúpula, todos os delegados e agentes foram proibidos de falar sobre o caso.

Freud - Também por ordem do comando, as imagens do dinheiro apreendido no hotel não puderam ser divulgadas e as fitas de vídeo que o hotel enviaria ao delegado Bruno foram encaminhadas diretamente para a direção. Conforme a Folha, a PF informou que Bruno não tem autorização para falar com a imprensa. O comando da PF tanto em São Paulo como na sede em Brasília não comentou os fatos.

Entre os agentes da PF que falaram à Folha, uma das situações que mais provocaram estranheza foi o depoimento do ex-auxiliar do presidente Luiz Inácio Lula da Silva Freud Godoy, acusado de envolvimento no caso. O superintendente em exercício da PF em São Paulo, Severino Alexandre, indicado por Pimentel, colocou uma delegada considerada novata na profissão para interrogá-lo.